自體免疫性疾病的種類相當繁多，對身體的任何部位都可能造成影響。

自體免疫性疾病的種類相當繁多，對身體的任何部位都可能造成影響，其中最明顯的徵狀就是「發炎反應」，如紅腫、發熱、疼痛、腫脹。

一般人常聽到的症狀，如甲狀腺炎、紅斑性狼瘡（簡稱SLE）、類風溼性關節炎（簡稱RA）、硬皮症（簡稱SS）、僵直性脊椎炎（簡稱AS）等等，都屬於自體免疫性的疾病。

例如：當患者自身的抗體，僅攻擊關節部位，就會引發「類風濕性關節炎」；當攻擊到皮膚、眼睛、嘴巴、血管、肝、腎等多重器官，就導致所謂的「紅斑性狼瘡」。

然而，倘若是女性罹患自體免疫性疾病，在懷孕方面，將可能面臨不少困難。主要是由受精卵所形成的胚胎，對於母體來說，有一半是外來的（父親染色體），因而容易被免疫系統當成不好的東西而發動攻擊，導致難以成功懷孕。

首先，醫師必須先了解患者的臨床狀況，才能進一步確認治療方式與追蹤處理；倘若女性決定懷孕，醫師需要讓病患了解到，當疾病發作時，可能會造成母體和胎兒哪些併發症，並且需建立共識，尋求預防和治療的方法。

某些自體免疫疾病患者的外觀，看起來毫無症狀；但進行抽血檢查後，透過臨床數值，會發現有症狀復發或消退的情形，也代表可能過一段時間會再復發。這時候就需要考量到「如復發時正處於懷孕時」可能造成的風險。

發作情形身為免疫疾病患者，還必須考慮到「最近是否曾經發作過」；如果發作程度是比較嚴重的，就不太適合懷孕。假如此期間剛好懷孕，或許就要考慮是否採取人工流產的措施，主因在於懷孕這件事，可能會對母體產生負面影響。 

當免疫疾病患者發作時，需要採取藥物的治療，如類固醇、免疫調節劑等等；但某些藥物成分很特殊，可能會對腹中胎兒造成一些傷害（如影響發育、早產或流產等）。這些狀況，都必須列入是否能夠懷孕的考慮因素中。