寶寶六個月之前，腸胃道的菌叢變化很大，無論是飲食、環境或藥物，都會影響腸道菌叢的生態

胎兒腸胃道的發展從胚胎時期即開始進行，在寶寶出生前，腸胃的構造已大致成形但功能還不成熟，而在出生後，會再逐步發育，並慢慢健全腸胃道的細部功能 

寶寶的腸胃道發展初期，因為還無需消化固體類食物，所以胃液（酸）與消化酶都只有少量生成，比例約略只有成人的1/10與千分之2～5，必須到3個月之後才會發展到與成人相當的數量。 

其實出生後母乳的成分和比例是最適合寶寶的食物，而配方奶粉則是儘量比照母乳成分去製成，兩者都是依照寶寶當下所能消化的飲食比例而設計，而4～6個月之後，隨著寶寶營養需求增加，副食品添加及各種食物的攝取也會影響腸胃道發展，例如：當每日的副食品食材中，需要有更多消化脂肪的酵素存在時，寶寶的腸胃道就會有相對應的配套發展。

寶寶六個月之前，腸胃道的菌叢變化很大，無論是飲食、環境或藥物，都會影響腸道菌叢的生態，六個月之後，開始接觸副食品，一歲後，飲食內容逐漸與成人相同，一直到兩歲左右，腸道的菌叢便會開始接近成人的腸道生態。 

腸胃道的發展不只攸關消化與吸收，更攸關身體免疫功能的完整建立，腸胃道若健康發展，營養吸收良好，同時對經由口腔攝取而來的不良外來因子（如：病菌）也能有效對抗，確保身體及腸胃道各種菌叢的平衡與正常運作，因此，若寶寶早期腸胃道中菌叢種類不夠或發展不全，讓免疫機制沒有適當的被建立起來，將容易罹患過敏或增加罹患自體免疫性疾病的機率。

健康的腸胃道，有賴於平衡的菌叢發展，母乳含有促進寶寶腸胃道健全發展的生長因子與特殊荷爾蒙，能讓寶寶的腸道健康發育。母乳的成分包含一般熟知的各種營養素，也包含非營養類的物質，如：細胞、荷爾蒙、生長因子、酵素或其他抗發炎物質等，其中穩定存在的乳糖與寡糖，能促進寶寶腸內益菌的生長、酵素能幫助消化吸收，而母乳中的分泌性免疫球蛋白sIgA，更具有耐酸與不易受蛋白酶分解的特性，能進入寶寶的腸道，附著在腸道上皮，阻止細菌與病毒入侵腸道黏膜。