台灣流行季節主要集中於每年的5至10月，病例高峰期則為6至7月，蚊子叮咬人的高峰期約在黎明和黃昏的時候。感染的患者大部分沒有症狀，少部分會有頭痛、發燒或無菌性腦膜炎等症狀，嚴重者則會出現頭痛、高燒、痙攣、抽搐或昏迷等症狀，最後可能導致神經、精神性後遺症或死亡。

日本腦炎的死亡率高達3%至30%，神經學後遺症高達30%至50%，罹患後的恢復期較長，所造成的神經性後遺症包括語言障礙等，精神性後遺症則以脾氣暴躁、性格不正常為主。近年來，兒童病例因為疫苗常規接種而減少，加上都市化生活環境，使得自然感染率下降。（推薦文章：安啦！新型日本腦炎疫苗安全沒問題）

疾管署官網指出下5種日本腦炎疫苗接種禁忌：

1.對本疫苗之任何成分曾有嚴重過敏反應者。

2.先天或後天免疫不全者，含接受化學治療、使用≧14天高劑量全身性皮質類固醇。

3.感染人類免疫缺乏病毒，不論有無症狀，其免疫功能有缺損者。

4.孕婦。

5.授乳母親。

此外，下列狀況者，宜待病情穩定後或經醫師評估後再接種：

1.發燒或正患有急性中重度疾病者，宜待病情穩定後再接種。

2.使用≧14 天高劑量全身性皮質類固醇者，可於停止類固醇≧28 天之後接種疫苗。

3.最近三個月曾輸血或接受其他血液製劑者（如免疫球蛋白），應詢問原診治醫師何時可接種日本腦炎疫苗（請見「各項預防接種間隔時間一覽表」）。

4.育齡婦女在接種疫苗後4週內宜避免懷孕。