透過超音波檢查，可以提供家長更進一步確認寶寶健康狀況。邱彙雅醫師強調，此階段的檢查都是為了進一步找出寶寶是否有先天性的異常，由於寶寶各項器官尚未發展成熟，隨著寶寶日益成長，相對身體狀況也會跟著改變，因此若是在此階段檢查數值無任何異常，並不表示往後就不會有任何改變。針對自費新生兒超音波篩檢，她一一說明各部位的檢查重點及常見問題：

腦部超音波

檢查重點在於寶寶的腦室、構造是否有異常等。在檢查中，家長最常聽到寶寶有「室管膜下水泡」的情形，主要原因在於胎兒在媽媽肚子裡時，血管在生長的過程中有小出血，因此形成了一道痕跡，通常隨著寶寶的成長就會消失，並不會對未來的智力發展造成影響。

心臟超音波

邱彙雅醫師表示，有部分心臟病在症狀不明顯時，無法透過聽診或是觀察新生兒的血氧濃度得知，因此必須透過心臟超音波觀察。檢查重點在於，觀察寶寶是否有先天性心臟病的問題。
最常聽到的診斷結果為寶寶有「開放性卵圓孔」、「動脈導管」的問題。卵圓孔是寶寶心臟血液循環一個重要結構，為一片可以往左心房打開的單向薄膜，主要負責血流由右心房往左心房流通的一個管道，與心房中隔缺損的道理不同，大部分寶寶會在出生1個月後完全閉合。邱彙雅醫師也強調，心臟的發育為動態發展，此類構造會在寶寶成熟後逐漸消失。

腹部、腎臟超音波

一般腹部及腎臟超音波會檢查寶寶的腎臟、肝臟、膽囊構造是否有異狀，且會在寶寶空腹的狀況下進行。新生兒常見的問題多為「水腎」、「腎盂擴張」。由於寶寶的身體短，輸尿管相對較長，因此容易造成擠壓導致水腫，屬正常的生理現象，並非寶寶本身結構異常而致，即使有異狀，醫師並不一定會馬上進行更深入的檢查。
一般會建議在2～4個月內定期追蹤，觀察隨著寶寶身長增加，水腎的情形是否有緩解；若腎盂的情形並無隨著身長的拉長而緩解，則須考慮寶寶是否有腎盂逆流、輸尿管阻塞等情況，須做進一步診治。

髖關節超音波

髖關節是位於大腿骨及骨盆之間的大關節，是全身受力最重的關節。髖關節超音波主要著重於篩檢寶寶髖關節的角度是否有異常，但並非各家醫院皆有提供此項超音波檢查。邱彙雅醫師表示，治療髖關節有所謂的黃金治療期（推薦閱讀:認識髖關節超音波篩檢．早發現早處理），因此若能透過早期發現早期治療，不僅治療方式相對簡單，治療效果也較有成效。

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