臺大兒童醫院的設立，從兒童醫院到兒童醫療大樓再回到兒童醫院的轉折，說明了兒童醫療在臺灣所面對的環境變化；2008年12月5日，該院兒童醫療大樓迎接了第一位新生兒，迄今已共接生了將近30,000名新生兒。

為了提供各類疑難雜症的小病友更好的就醫環境，兒童醫療大樓目前開設包含神經母細胞瘤、雷特氏症、唐氏症、
結節硬化症等16個集合跨領域醫療團隊共同看診的整合型門診。

對於專為婦兒健康打造的兒童醫療大樓，臺大自許為國人急重難症最後一道健康守護防線，首創在新生兒加護病房內設置開刀房，減少新生兒轉送、失溫等的風險。（推薦文章：認識新生兒加護病房NICU）

此外，集合隨時待命的婦產科和兒童內外科等各個專科醫師醫療團隊，提供高危險妊娠與新生兒最安全的手術環境，做為國內兒童最後一線轉診中心，也積極與各級醫院、基層醫療院所聯繫，接受各種疑難雜症之轉診，提供全國各地的重症兒童高品質的醫療照護。

臺大醫院院長何弘能致詞時表示，「創立臺大兒童醫院的過程中，大家都很努力，雖然有一些波折，依舊完成了這座最符合兒童需求的醫院，如今也成為各國來台觀摩的重點。由於兒童醫院不是賺錢機構，不太容易自給自足，仍需要社會各界幫助，讓兒童醫院持續茁壯！」

臺大兒童醫院院長吳美環說，「兒童醫院只是個開始，在這之前，台灣並沒有一座硬體是從孩子的角度出發而設計，為了完成這個理念，我們有幸得到很多來自社會的資源，打造出一個屬於兒童的溫暖空間。尤其在夏天，一走進大廳，就可感受到滿室的陽光。我常說，孩子一走進這裡，病就好了一半，剩下的一半就交給我們處理。身為從事醫療的工作者，現在把孩子照顧好，不是只有治好身體的病，而是要讓他們離開醫院的時候，傷口好了，心裡也沒有很多的傷口。長大後，能正面、勇敢地看待社會，陽光永遠是社會所需要的，讓我們為現在的兒童醫院，也為未來更好的兒童醫院而一起努力！」