第12輪疫苗打BNT疫苗第一劑、莫德納與AZ疫苗第二劑，兩階段分流預約、施打時程總整理
由於接種人數眾多，指揮官陳時中表示，將分為兩階段預約及接種，預約時間不同，而施打時程分為10月22日至10月27日、10月28日至11月3日兩階段，希望避免誤打，民眾在施打之前，應主動醫護人員核對疫苗。
指揮中心統計，目前第一劑覆蓋率約5成8，第二劑為2成，陳時中說，力拼到10月底第二劑接種覆蓋率達3成、第一劑覆蓋率達到7成，為了達到這個目標，希望月底之前每天可以35萬接種量為標準，月底要至少完成470萬劑注射。
陳時中說，「這是非常艱鉅的任務」，未能達標的地方縣市可能必須增開接種站。地方政府和第一線醫護都很辛苦，量大又不同廠牌劑次，要特別表達謝意。
第12輪疫苗兩階段預約、施打時程
第12輪規畫提供BNT疫苗第一劑，以及莫德納與AZ疫苗第二劑，人數眾多，分為兩階段規劃。
第一階段規畫
符合資格對象，10月13日中午12點前已意願登記民眾，且符合下列任一條件：
1.BNT第一劑：30歲以上民眾，即1991年12月31日前出生者。
2.莫德納第二劑：7月16日 (含)前已接種莫德納第一劑55歲以上民眾，即1966年12月31日前出生者。
3.AZ第二劑：7月30日 (含)前已接種AZ第一劑38歲以上民眾，即1983年12月31日前出生者。
預約分流時程
1.BNT第一劑：10月18日上午10時至10月20日中午12時。
2.AZ第二劑：10月19日上午10時至10月20日中午12時。
3.莫德納第二劑：10月19日下午2時至10月20日中午12時。
施打時程：10月22日至10月27日。
第二階段規畫
符合資格對象，10月13日中午12點前已意願登記民眾，且符合下列任一條件：
1.BNT第一劑：23歲以上民眾，即1998年12月31日前出生。
2.莫德納第二劑：7月16日 (含)前已接種莫德納第一劑18歲 以上民眾，即2003年12月31日前出生者。
3.AZ第二劑：
(1) 7月30日(含)前已接種AZ第一劑18歲以上民眾，即2003年10月28日前出生者。
(2) 7月31日至8月6日(含)已接種AZ第一劑45歲以上民眾，即1976年12月31日前出生者。
預約分流時程
1.BNT第一劑及莫德納第二劑：10月25日上午10時至10月27日中午12時。
2.AZ第二劑：10月26日上午10時至10月27日中午12時。
施打時程：10月28日至11月3日
1.BNT第一劑：10月28日至10月31日。
2.莫德納及AZ第二劑：10月28日至11月3日。
由於第11輪BNT疫苗第一劑預約不如預期，指揮中心昨晚增開至44歲以上可以預約，約7.3萬人，且延長預約時間至今日下午6時截止，但到下午1點為止，仍有23萬劑名額，陳時中說，打疫苗是利大於弊，「這些東西沒辦法等，不能說有危機再來打，它需要時間來產生保護力」。
陳時中表示，我國自購的AZ疫苗136萬劑於下午抵達桃園國際機場，加上日前立陶宛所捐贈的疫苗，累積300萬劑，可滿足大部份AZ第二劑的需求。
新增境外移入個案國慶連假曾至台北東區
在疫情方面，連續2日「零本土確診」，今也無死亡個案，僅新增4例境外移入。陳時中表示，疫情趨緩，但降級有降級的標準，現在都還在討論中，即使沒有降級，相關活動可以稍微解封。
今新增4例境外移入個案，3男、1女，年齡介於20多歲至50多歲，分別自菲律賓 (案16420)、美國 (2例，案16421、案 16422)及印尼 (案16423)入境，入境日介於今年9 月17日至10月11日，皆持有搭機前3日內檢驗陰性報告。
疫調顯示，在4例境外移入個案中，3人為「突破性感染」，醫療應變組副組長羅一鈞指出，分別接種1劑嬌生、2劑BNT疫苗、1劑嬌生。
至於案16423，並非「突破性感染」，為自印尼返台的本國籍50多歲女性，在14日集中檢疫所期滿後採檢為陰性，因工作需要自費採檢而確診。她7月曾在印尼確診，屬於陰陰陽陽階段，復陽後確診，Ct為32病毒量低，研判對於社區影響低。
不過，疫調發現，該個案於雙十連假期間去過明曜百貨，因此該百貨列為需要關閉清消的場所。目前該案匡列接觸者18人，5人列為居家隔離，13人列為自我健康監測。
防疫原則仍以「清零不共存」為首要目標
許多歐美及紐澳等國已將防疫原則改為「與病毒共存」，不再講究確診人數，但行政院院長蘇貞昌、指揮中心仍然堅持「清零」，台大兒童醫院小兒部醫師李秉穎上午接受電台專訪時，也支持「清零不共存」想法。
不過，台大公衛學者則持反對意見，台大公衛流病與預醫所教授陳秀熙說，「不要再迷戀零病例的過度期望！」，當紐澳宣布不再堅持清零思維，幾乎已無任何國家以清零為目標，而是以疫苗覆蓋率高低，來調整防疫措施鬆緊度。
陳秀熙建議，我國應將「清零的期待」轉為「疫情容忍度共識」，備足新冠疫苗、抗病毒藥物，站穩「疫苗覆蓋率、檢測、NPI」等防疫金三角，才可能走出疫情陰影，讓國人習慣與病毒共存。