染色體異常

懷孕12週內的流產胎兒，約有50%至60%是夫妻其中一方有染色體異常的緣故，常見原因在於平衡性轉位，發生機率約為1/500，異常的染色體往往會造成胎兒各式各樣的先天畸形，甚至造成習慣性的流產或不明原因的流產。因此，隨著近年來的細胞遺傳發展，可以透過抽血來檢查雙方染色體，或經由採檢胎兒的絨毛或抽取羊水，可進行染色體分析以了解胎兒狀況。若確診為平衡性轉位，可以透過胚胎著床前基因篩檢來改善習慣性流產的問題。 

子宮異常

關於子宮異常造成流產的原因有子宮肌瘤、子宮內膜息肉、子宮內膜沾黏、子宮腺肌症、子宮頸閉鎖不全等，甚至是先天性的雙角子宮、弓狀子宮、子宮中隔，治療上會依照異常程度做不同的處理，例如將雙角子宮從中間切開，再重新縫合成完整的子宮；中隔子宮則可用電刀將中隔削掉；子宮頸閉鎖不全，則可在懷孕13至14週左右，先做環紮術，將子宮頸口予以環形的縫合，等到足月時再剪開取出，便可以自然生產，藉此來減少流產率、早產率。

內分泌問題

當女性內分泌機能出問題後，可能會影響胚胎是否能順利著床，若是有卵巢老化且機能不足、多囊性卵巢症候群、甲狀腺功能過低或糖尿病等內分泌異常的情形，也容易造成自然流產，必須依照病症治療，卵巢老化且機能不足可補充黃體素；多囊性卵巢症候群可吃Metformin治療，再加上改變飲食習慣、規則運動、維持正常體重，改善病症的臨床表現並促進排卵；甲狀腺功能過低可以補充甲狀腺素；糖尿病則必須控制血糖。

免疫系統問題

免疫機能異常是造成習慣性流產的常見原因，可分為異體免疫因素和自體免疫因素。前者，指受精卵是由精子與卵子結合後在母體子宮內著床成長，若媽咪體內的免疫系統會產生抗體來攻擊受精卵並排斥而導致流產；後者，指自體免疫系統異常時，母體血液循環中會產生較高的自體免疫抗體，抗體會增加血液的凝血活性及血小板的凝聚，進而產生血栓，造成胎盤壞死而流產。

孕媽咪遭受感染

當孕媽咪受到德國麻疹病毒、疱疹病毒、巨大細胞病毒、梅毒、披衣菌或是弓漿蟲等感染，也會造成自然流產。

其他因素

若孕媽咪因故跌倒、受到撞擊、工作繁忙、濫用藥物、抽菸、酗酒、周遭接觸環境有輻射線或其他有害物質等，也有可能會造成流產機率提升，臨床上難以研究出是否是因為情緒壓力或心理因素，所以流產的女性不要被輕易打敗，努力找出原因，並建議在下次懷孕初期，立刻補充黃體素。